제자훈련은 작은 예수 그리스도로 살기 위하여 함께 훈련하는 코스이다. 성경공부의 수준을 넘어 생활에서 구체적으로 예수님을 닮아가는 훈련을 하는 것이다. 제자반과 사역반으로 나누어져 있으며, 각각1년 정도의 훈련을 함께 하게 된다. 제자반에서는 큐티, 간증, 기도, 말씀, 전도, 봉사등의 훈련과 기본적인 신앙의 교리들을 공부하게 되며, 사역반에서는 성령을 좇아 사는 삶과, 지도자로서의 자질을 갖추기 위하여 소그룹 리더십, 귀납법적 성경연구, 성경의 파노라마등을 공부하게 된다. 주안교회 성도라면 꼭 한 번은 받아야 되는 과정이다.